İzolatörler hava resirkülasyon, partikül filtrasyon ve çalışma kabininin pozitif veya negatif hava basıncı altında tutulması prensibiyle çalışmaktadır. Pozitif basınçlı izolatörlerde kabin içinde dolaşan havanın %90’ı (±%5)’ı çalışma alanı tavanında bulunan ana HEPA/ULPA filtreden geçirilerek kabin içinde resirküle edilmektedir. Toplam hava miktarının %10 (±%5)’u ise cihazın üst kısmında yer alan HEPA/ULPA filtreden geçtikten sonra çevre korumalı olarak kabin dışına atılmaktadır. Negatif basınçlı izolatörlerde ise kabin içine alınan havanın tümü ana filtreden geçirilip çalışma kabinini süpürdükten sonra filtreden çevre korumalı olarak kabin dışına atılmaktadır. Ana hepa filtre ve laminarizatörden geçerek çalışma kabinine ISO-5 ve üzeri temizlik sınıfında laminar hava akımı sağlanarak ürün korumaktadır. Çalışma ortamı içinde oluşturulan primer ve çalışma ortamı etrafında oluşturulan sekonder bariyer sayesinde izolatör dışındaki havanın olası kazalar dahil herhangi bir şekilde çalışma materyaline ulaşması engellenmektedir ve sıfır partikül kaçaklı temiz çalışma ortamı sağlanmaktadır.